A primeira aparição de Knuckles aconteceu no game Sonic The Hedhegod 3, lançado em 1994 para o Mega Drive. Manipulado por Eggman a pensar que Sonic tentaria roubar a Esmeralda Mestre, ele passa a agir como um antagonista, até finalmente descobrir a verdade e se unir ao ouriço azul.

Knuckles foi criado por Takashi Yuda, que nunca teve a intenção de que ele fosse nada além de um simples personagem de apoio. Mas para sua surpresa, o personagem foi mais bem aceito pelo público do que ele esperava, aparecendo em dezenas de jogos posteriores.

Como dito anteriormente, Knuckles é o último echidna, uma outrora poderosa raça de xamãs e guerreiros. Seu clã, o clã Knuckles, vivia nas montanhas místicas há 4 mil anos, protegendo a Esmeralda Mestre e as Esmeraldas do Caos, até que um grande cataclismo se abateu sobre todos.

Quando Pachacamac, o chefe de seu clã, tentou roubar as esmeraldas, se clã foi quase todo aniquilado, e os membros sobreviventes dedicaram suas vidas a protegerem esse poder para que isso não ocorresse novamente. Eventualmente, todos morreram, até restar apenas Knuckles.